L’Union africaine (UA) a mis en place un dispositif structuré pour piloter la médiation en cours. À la tête de ce processus, un médiateur principal a été désigné : Faure Gnassingbé, président du Conseil togolais. Il est appuyé par le ministère togolais des Affaires étrangères ainsi que par la présidence togolaise, qui assurent le soutien politique et diplomatique de la mission.
Autour du médiateur, cinq co-facilitateurs, tous anciens chefs d’État africains, ont été nommés, chacun en charge d’une thématique spécifique. Olusegun Obasanjo s’occupe des questions militaires et de sécurité, Sahle-Work Zewde des enjeux humanitaires, Uhuru Kenyatta du dialogue avec les groupes armés locaux, Mokgweetsi Masisi de la coopération économique régionale, tandis que Catherine Samba-Panza est chargée de la société civile, de la réconciliation et des questions liées aux femmes.
La coordination opérationnelle du travail repose sur un Secrétariat conjoint indépendant. Celui-ci associe le Togo, l’Union africaine, la Communauté d’Afrique de l’Est (CAE), la Communauté de développement de l’Afrique australe (SADC) et la Conférence internationale sur la région des Grands Lacs (CIRGL), afin d’assurer une approche régionale cohérente.
Enfin, la coordination avec les partenaires internationaux est assurée par la Commission de l’Union africaine. Parmi ces partenaires figurent les Nations unies, le Qatar, l’Union européenne ainsi que les membres permanents du Conseil de sécurité de l’ONU, appelés à accompagner et soutenir le processus de médiation.